Los primeros datos de los cuales se noción sobre el conocimiento de estas recónditas tierras, data de 1779, fecha en que el expedicionario Juan de la Piedra descubriera el Golfo San José. La playa conocida actualmente como Villarino sería la testigo del primer desembarco en este puerto natural.
Las dificultades, proveniente especialmente por la falta de agua dulce, para el emplazamiento permanente de una población llevarían a trasladarse a las primeras familias a lo que hoy ciudad de Carmen de Patagones, quedando sólo en la zona una guarnición por ordenes del Rey Carlos III. Este destacamento sería arrasado por un malón lo que implicaría que sólo después de la campaña contra el indígena, encabezada por el General Julio Argentino Roca, el hombre blanco podría volver a estas tierras.

El 28 de Julio de 1865 será recordado como el día llegada a estas recónditas tierras de 150 galeses, quienes a bordo del “Mimosa” y esta fecha, posteriormente, será propuesta como día de fundación de Puerto Madryn, aunque existen versiones encontradas si realmente estos colonos se asentaron en este sitio o si prosiguieron en su viaje.
La consolidación de la población, sin embargo, llegaría en 1886 donde una nueva ola de inmigrantes proveniente de España, Italia y Gales se acercan a la zona con motivos de construir las vías del ferrocarril entre Trelew y Madryn.
La actividad ferroviaria y portuaria le dará un fuerte impulso comercial e industrial a la creciente colonia que se mantendrá en pleno crecimiento hasta la década del ´60, fecha en que las franquicias aduaneras, que hasta ese entonces fueron el principal motor para la actividad, fueran suspendidas. El repliegue de esta actividad se le suman la desaparición del ferrocarril Patagónico, cuestión que promovió la aparición de nuevas industrias textiles.
Los continuos vaivenes económicos a los que fue sometida la zona provoco eventuales emigraciones. La incertidumbre en la que se vio la comunidad, motivo a los residentes a la busca de nuevas alternativas, y es así que los grandes recursos naturales que posee el sitio, se convertirán en una muy buena opción.
Los años 70 presentara nuevas perspectivas para Puerto Madryn, en esta década se instalará la planta productora de aluminio. En esta misma época la comunidad será testigo de un crecimiento demográfico inusitado que duplicara exponencialmente la población de la localidad, acercándose inmigrantes de los más recónditos rincones del mundo.
Sus características únicas la han convertido en un destino que hoy en día, es visitado por miles de turistas quienes se ven atraídos por sus soberbios paisajes y por su cercanía con la inigualable Península Valdés, Patrimonio Natural de la Humanidad. Estos recursos naturales, por lo que muchas veces es reconocida esta maravillosa ciudad, es también una de las razones por la que sus habitantes y prestadores de servicios han tomado un marcado acento proteccionista de su relación con el medio ambiente.